Existuje množina agend, v rámci ktorých orgány verejnej moci vykonávajú svoje kompetencie v súvislosti so zahranično-obchodnou transakciou. Tieto agendy obsahujú procesy, ktoré prebiehajú v rámci jednotlivých fáz zahranično-obchodnej transakcie a v rámci ktorých sa rozvíja interakcia medzi obchodníkmi a kompetentnými orgánmi verejnej moci prostredníctvom elektronických formulárov.
Bližšie informácie o agendách (procesoch a formulároch) implementovaných v IS CEP sú uvedené na nižšie uvedených stránkach určených jednotlivým zapojeným orgánom verejnej moci.